"Если мы будем подавать в суд на родственников, с доказательством что не жили уже там несколько лет и приложим в подтверждение этот договор аренды, то будут проблемы у арендатора?" Проблемы будут и у вас. Вы жили без регистрации.
А что там за долги? Вы собственники жилья?